A história de Paraty se inicia com um pequeno povoado em cima do Morro de Vila Velha, hoje chamado de Morro do Forte, ainda em meados do século XVI. Por volta de 1640 Dona Maria Jácome de Mello doou uma área situada entre os rios Paratiguaçú, hoje Perequê-Açú , e Rio Patitiba para que o povoado se estabelecesse.Este é o local onde hoje se encontra o Centro Histórico de Paraty. Como condição, ela solicitou que fosse construída uma capela de devoção a Nossa Senhora dos Remédios.
Inicialmente este povoado pertencia ao município de Angra dos Reis. Mas em 1667 Paraty foi elevada à condição de vila, ganhando a denominação de Vila de Nossa Senhora dos Remédios de Paratii.
Paraty ganhou importância devido à sua localização, no fundo da baía de Ilha Grande. De lá saía um caminho utilizados pelos Guaianás, que subia a serra na direção de Lorena e de lá seguia na direção das Minas Gerais. Este caminho, hoje conhecido como Caminho do Ouro, passou a ser utilizado para trazer o ouro extraído em Minas para ser embarcado para o Rio de Janeiro e de lá seguir para Portugal. Assim Paraty tornou-se um entreposto comercial de razoável importância.
Outra importante atividade econômica do município foi a cana-de-açúcar. Paraty chegou a ter mais de 250 engenhos e a cidade foi uma grande produtora de cachaça. O nome Paraty foi sinônimo de cachaça até meados do século XX. As pessoas pediam uma dose de paraty. Atualmente restaram poucos alambiques, mas estes produzem cachaça artesanal de ótima qualidade, inclusive tendo recebido o selo de identificação geográfica (IG), que protege o nome atrelado à qualidade do produto produzido na região.
Após o declínio da produção do ouro, Paraty foi aos poucos perdendo importância, mas o ciclo do café, em meados do século XIX trouxe ao município mais um período de prosperidade. Paraty era o porto de ligação com as cidades do Vale do Paraíba. Mas em 1870 a abertura de uma estrada de ferro entre Rio e São Paulo passando pelo Vale do Paraíba tornou a trilha que descia a serra obsoleta. Paraty foi perdendo importância e ficou esquecida. Com a abolição da escravatura em 1888 a maior parte da população abandonou a cidade, que ficou esquecida por décadas.
Este período de esquecimento foi justamente o que propiciou a preservação da arquitetura colonial da cidade até a abertura da Rodovia Rio-Santos em 1974. A partir daí surgiu um novo ciclo, o ciclo do turismo. Paraty foi considerada Patrimônio Estadual em 1945, foi tombada pelo IPHAN (Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional) em 1958 e finalmente convertida em Monumento Nacional em 1966. A natureza, a cultura e a história preservada do local se tornaram importantes atrativos turísticos. O turismo é hoje a principal atividade econômica de Paraty.
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