A Igreja de Nossa Senhora dos Remédios, também conhecida como Igreja da Matriz de Paraty, teve sua primeira construção iniciada em 1646, em local próximo à atual localização. Quando Maria Jácome de Mello doou as terras situadas entre os rios Perequê-Açú e Patitiba para a construção do novo povoado, onde atualmente situa-se o Centro Histórico de Paraty, exigiu que fosse construída uma capela em homenagem a Nossa Senhora dos Remédios, à qual era devota. Esta primeira capela foi demolida em 1668 e foi então construída uma nova Igreja, que só foi concluída em 1712.
Em 1787 foi iniciada uma nova construção, por ser a primeira pequena para a população local, que havia crescido. Esta nova obra era muito maior, e precisou contar com a ajuda financeira de Dona Geralda Maria da Silva, que foi por isso agraciada por Dom Pedro II com o título de Dona do Paço.
Somente no ano de 1873 a igreja, de estilo neoclássico, foi entregue para culto público. Mas as duas torres laterais ficaram inacabadas, assim como o fundo do templo. Acredita-se que isto foi motivado pela falta de recursos e de mão de obra escrava, e também pelo fato de a igreja ter se inclinado para a frente devido à inconsistência do terreno em que foi construída.
Apesar de Paraty ter sido o principal caminho do ouro produzido no período colonial, as igrejas da cidade não são muito ornamentadas, com decoração sóbria, muito diferente das igrejas de Minas Gerais. A Igreja atualmente é sede de cultos semanais, casamentos e festividades religiosas, e fica aberta para a visitação cobrando uma pequena contribuição para a sua manutenção.
