Paraty tem a maior parte do seu município localizada em áreas preservadas. A mata atlântica ainda predomina, na região da serra e também na região litorânea. Isto se deve à existência de parques e áreas de preservação, destinados a resistir às pressões econômicas da especulação imobiliária e do uso predatório do solo.
Estas são as unidades de preservação ambiental no município de Paraty:
Parque Nacional da Serra da Bocaina
O Parque Nacional da Serra da Bocaina tem cerca de 104 mil hectares, localizados na divisa dos estados de São Paulo e do Rio de Janeiro. É uma das maiores áreas protegidas da mata atlântica, e se estende desde mais de 2000 metros de altitude na Serra do Mar até a beira do mar. Ali se encontra uma grande riqueza da flora e fauna e algumas espécies ameaçadas de extinção. Dentre os principais atrativos turísticos na área do município de Paraty destacamos a Praia do Cachadaço e o Caminho do Ouro.
APA do Cairuçu
A APA do Cairuçu é uma Área de Proteção Ambiental federal criada em 1983, com cerca de 35 mil hectares, incluindo uma área continental e 63 ilhas. Está ligada ao Instituto Chico Mendes de Preservação da Biodiversidade (ICMBio) e ao Ministério do Meio Ambiente.
Reserva Ecológica Estadual da Joatinga
Criada em 1992, esta reserva ecológica estadual tem uma área de cerca de 9.960 hectares, visando assegurar a sustentabilidade ambiental, a qualidade de experiência dos visitantes e a manutenção da qualidade de vida da população residente. Entre as principais atrações turísticas, destacamos o Saco do Mamanguá e as praias da região da Cajaíba.
Parque Estadual de Paraty-Mirim
Antigamente chamado de Área Estadual de Lazer de Paraty-Mirim, foi transformado em Parque Estadual para ajudar a preservar a região de Paraty-Mirim da ocupação humana. Na área do parque destacam-se a Praia de Paraty-Mirim e a aldeia indígena localizada à beira da estrada que sai da Rodovia Rio-Santos.
APA Municipal da Baía de Paraty
Esta área de Proteção Ambiental foi criada em 1984 e redimencionada em 1987, com cerca de 5.600 hectares. Abrange as áreas da baía de Paraty, da enseada de Paraty-Mirim e do Saco do Mamanguá. O seu objetivo é proteger as áreas de criadouro de organismos marinhos do município. Nesta região é proibido a pesca de arrasto, a instalação de indústrias potencialmente poluidoras e aterros e dragagens que comprometam a manutenção dos ecossistemas.
Estação Ecológica de Tamoios
A Estação Ecológica de Tamoios é uma unidade de conservação federal criada em 1990 para atender a um dispositivo legal que determina que todas as usinas nucleares devem ser localizadas em áreas delimitadas como estações ecológicas. Esta ESEC visa proteger as áreas marinhas para pesquisas e monitoramento do ambiente marinho e da região costeira da baía da Ilha Grande.
Todas estas unidades de preservação ambiental deveriam garantir a preservação da natureza na maior parte do município de Paraty. Infelizmente muitos destes projetos não são monitorados e implementados em sua plenitude, e alguns ambientes ainda sofrem com a invasão humana, com o desmatamento e a falta de regulamentação de um turismo sustentável. Mas mesmo assim, Paraty ainda é um paraíso ecológico localizado entre as duas maiores cidades do país e devemos tomar todas as medidas para que continue assim.