Paraty fica localizada em uma pequena baía, dentro da baía da Ilha Grande, a Baía de Paraty. É uma baía dentro de uma baía. Esta localização muito abrigada das águas abertas garante um mar muito tranquilo, com poucas ondas, ideal para a navegação em barcos pequenos. Barcos grandes não podem chegar perto de Paraty, pois a baía é muito rasa. Assim, grandes navios de turismo são obrigados a parar mais afastado do cais, precisando de barcos de menor porte para descarregar os passageiros que quiserem visitar a cidade.
A baía é repleta de ilhas. Algumas delas possuem pequenas praias, outras oferecem bons locais para o mergulho. A maior parte possui propriedades particulares. Há ainda algumas ilhas um pouco maiores, como a Ilha do Araújo, que possui uma comunidade de própria de moradores, e até um comércio próprio. Ao redor da baía, no continente, há muitas praias, algumas desertas, outras habitadas.
Próximo à cidade existem algumas marinas, onde ficam ancorados os barcos particulares e que são também opção para os marinheiros que vêm de outras partes do litoral. Foi de Paraty que o navegador Amyr Klink partiu para algumas de suas viagens solitárias pelo planeta, que são narradas em seus livros que fizeram muito sucesso. Aliás, Amyr Klink morou durante toda a sua infância em Paraty e possui na cidade diversas propriedades até hoje.
É por este itinerário que são realizados os passeios de escuna, que são muito procurados pelos visitantes de Paraty. Não é à toa que são tão populares, pois o local é realmente muito bonito e as condições do mar são ideais para as escunas, que praticamente não balançam. Isto torna os passeios muito seguros e confortáveis. A água na baía tem uma temperatura muito agradável, e mesmo no inverno é possível nadar nos dias de sol.
Quem prefere um passeio com mais privacidade pode alugar uma traineira, pequenos barcos de pesca adaptados para o turismo, ou ainda um passeio de lancha, que é mais veloz e permite alcançar locais mais distantes em menor tempo. Claro que o passeio privativo fica um pouco mais caro, mas é uma ótima opção especialmente para pequenos grupos.
A baía de Paraty é um dos principais atrativos turísticos da cidade, e um dos locais mais bonitos do litoral brasileiro.
